Статья 4

Российская военная база входит в состав Вооруженных Сил Российской Федерации и подчиняется Министерству обороны Российской Федерации, которое контролирует боевую готовность, оперативную и боевую подготовку и другие вопросы повседневной деятельности воинских формирований российской военной базы.
В случае угрозы агрессии или в случае акта агрессии против Таджикистанской Стороны российская военная база используется по планам оперативного применения и по совместному решению Сторон может переходить в оперативное подчинение объединенному командованию (верховным главнокомандующим вооруженными силами Сторон), создаваемому на основании Договора между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан о сотрудничестве в военной области от 25 мая 1993 г.