Статья 12

В угрожаемый период воинские формирования российской военной базы действуют в соответствии с согласованными с Таджикистанской Стороной планами приведения в высшие степени боевой готовности.
Организация противовоздушной обороны войск и объектов осуществляется в соответствии с Соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Таджикистан о сотрудничестве в области противовоздушной обороны от 27 марта 1996 г.
В случае возникновения угрозы безопасности Сторон решение о вводе на территорию Республики Таджикистан воинских формирований, не входящих в состав российской военной базы, принимается по согласованию Сторон. Таджикистанская Сторона обеспечивает пропуск через свою государственную границу и перемещение по своей территории воинских формирований Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, не входящих в состав российской военной базы.
Порядок организации воинских межгосударственных перевозок при возникновении угрозы безопасности Сторон регламентируется Соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Таджикистан об организации воинских межгосударственных перевозок и расчетах за них от 27 марта 1996 г.